首先一般的治疗急性期要卧床休息，要多饮水、饮食易消化富含热量和蛋白质的食物。第二是要抗感染治疗，细菌性的尿要根据尿感的定位诊断即病原体来选择用药，上尿路感染选用血和肾浓度高的药物，下尿路感染要选用尿液浓度高的药物。要根据检查的病原菌及药物的敏感实验来选择用药。第三是要尽可能用低毒的药物，婴幼儿应该采取积极有效的治疗，如伴有呕吐、神萎者建议静脉用药头孢类的抗生素，特别是第二代、三代头孢菌素有较好的效果。喹诺酮类的药物七岁以下的小儿慎用。由于儿童的膀胱炎和肾盂肾炎临床上不易区分，新生儿和小婴儿尿路感染合并畸形的比例比较高，短程疗法包括单剂量疗法和三日疗法，在儿童中不予推广，只有大于5岁、尿路没有畸形才考虑采用短程疗法。