健康人的胃肠道内寄居者，种类繁多的微生物，这些微生物称为肠道菌群，肠道菌群按一定的比例组合，各菌群间互相制约、互相依存，在质和量上形成一种生态平衡。一旦机体内外环境发生变化，特别是长期应用广谱抗生素敏感肠菌不一致，未被抑制的细菌趁机繁殖，从而引起菌群失调，及正常生理组合被破坏，而产生病理性组合，引起临床症状就称为肠道菌群失调症。本症以严重腹泻或慢性腹泻为主要临床表现，腹泻多为淡黄色或者是黄绿色水样便，有时如蛋花样，真菌感染可呈泡沫样稀便，有腥臭味脓血便，葡萄球菌感染可排黄绿色稀便，每日3到20余次，伴有腹胀，腹痛一般不显著。吐泻严重者可伴有脱水、电解质紊乱、血尿素氮升高、血压下降等。