小肠镜在检查的前一天下午三到四点钟，用开水泡番茄叶三到六克，然后服用。检查当天早晨用温盐水或者是肥皂水清洁灌肠一次，或在检查前用开塞露一只排空肠腔内的粪便，相隔一个小时后，肠腔内清晰以便于检查。医生具体操作就是，患者取胸卧位，先做一个肛门直肠指检的检查，再将润滑剂的镜筒及芯片用右手持之，并用拇指顶住镜芯，将镜管上的长度标记向上，便于了解插入深度。先将肠镜的头端朝脐孔方向缓慢插入约5厘米，然后以左右旋转动作迅速进入直肠壶腹服部，取出镜芯，开亮光源，装上检目镜和橡皮球，再直视下将镜管改向骶部插入。当镜管插入8厘米处可见三个半月型直肠瓣，当镜筒插入15厘米时，可见直肠狭窄及较多的粘膜皱缓，及直肠胰乙状结肠交界处。此时肠镜比较难推，应直视下特别小心进行检查，绝不可以盲目的插入，以免损伤了肠臂发生意外。