乳糖不耐受是由于乳糖酶分泌少，不能完全消化分解乳酶和牛乳中的乳糖所引起的非感染性腹泻，又成为乳糖酶缺乏症。母乳和牛乳中的糖类主要是乳糖，小肠尤其是空肠黏膜表面绒毛的顶端乳糖酶的分泌量减少或活性不高，或不能完全消化和分解乳汁中的乳糖，部分乳糖被结肠菌群酵解成乳酸、氢气、甲烷和二氧化碳，乳酸刺激肠壁，增加肠蠕动而出现腹泻。二氧化碳在肠道内产生胀气和增加肠蠕动，使儿童表现不安，偶尔还可能会诱发肠痉挛出现肠绞痛；乳酸的增加还是粪便的pH值降低，乳糖酶缺乏在以乳汁为主要的饮食新生儿和婴幼儿中常发生腹泻等症状。