普通肠镜的腹痛程度主要和内镜医师的操作水平，肠道病变的情况以及被检查者的耐受度有很大的关系。大部分情况下肠镜引起的腹痛症状均是在可以耐受的范围内，但是对于过度紧张、肠道走行迂曲、炎症性病变明显、肠道准备不充分的人群，进行肠道检查时有可能疼痛较为明显。当然如果内镜医师经验尚浅，操作不规范、进镜过快、注水注气过多也可以造成明显的腹痛。有时腹痛剧烈，难以忍受，可以导致肠镜检查被迫中断，这时还应当考虑行无痛肠镜检查。如果肠镜检查后患者剧烈腹痛不见缓解，出现弥漫性的腹痛以及腹膜刺激征，还应当考虑穿孔的可能，应当及时处理，必要时还需要急诊手术。