大便的气味由细菌分解的产物所致，产生气味的主要成分为粪臭素、乙酸丁酸等，其中产生粪便恶臭的是粪臭素。值得一提的是很多香水花之所以香，是因为含有少量的吲哚，但粪便中的吲哚浓度较大反而就臭了。食物在胃和小肠内进行消化，主要是各种消化酶的作用，结肠不产生酶，只有细菌起消化作用，结肠内有多种细菌，大肠杆菌70%，链球菌、变形杆菌、葡萄球菌、乳杆菌、芽孢和酵母，另有极少原生物和螺旋体。长细菌的重要作用是产生生理需要的物质，如食物缺少维生素时可以在肠里合成维生素k，维生素b1，维生素b2，维生素a，维生素b12，维生素b6，叶酸和消旋酸也能产生粪臭素。硫化氢使粪有臭味儿，粪便在肠里储存时间长了就像食物在高温环境下放久了会变质发出馊味一样。