肛瘘可以获得根治。低位肛瘘因瘘道走行简单,直接进行瘘道切除术,可获得根治;高位肛瘘、直肠黏膜下瘘因瘘道走行复杂,分支瘘管较多,穿过肛管直肠环,手术难度大。如果术者掌握肛瘘的瘘道走行,并且明确内口的位置,这样的肛瘘也可以获得根治。但是如果内口不明确,这样的肛瘘是有一定复发几率。部分患者手术时因损伤肛门括约肌可能会出现大便失禁的症状,当病人合并内科疾患时,比如糖尿病、克罗恩肠病、溃疡性肠炎等,需积极治疗原发病,减少肛瘘的复发。久治不愈的肛瘘,存在着癌症的风险,需引起人们的重视,养成良好的排便习惯,每日排便后温水坐浴,保持肛区清洁,可以预防肛瘘的复发。