毛囊炎的治疗方式由临床上来看，主要有中医、西医以及物理疗法。
现代医学认为，引起毛囊炎的病原菌主要是金黄色葡萄球菌，偶有表皮葡萄球菌、链球菌、假单孢菌属和类大肠杆菌。主要发生于成年人，免疫力低下或糖尿病患者。毛囊炎的治疗首选用，富含的表皮活性因子和高效皮肤渗透剂，能有效快速渗透入皮下，直达病灶，从而达到快速治愈的目的。
中医和西医治疗毛囊炎均分为内治法与外治法：
中医治疗毛囊炎内治法
初期宜清热解毒，方用五味消毒饮。若患者体表出现散在淡红色丘疹及小脓疱，自觉刺痒疼痛，舌质红，苔厚腻等湿热盛表现者，宜清热解毒利湿，方用金薏汤;若患者素体虚弱，病程迁延，出现面色萎黄，食少纳差，舌质淡，苔薄白，脉沉细等气阴两虚表现者，治宜益气养阴、清热解毒，方选蓝芪汤。
中医治疗毛囊炎外治法
(1)草药外敷：新鲜的公英，地丁、芙蓉花叶、马齿苋，金不换等选1～2种，捣泥外敷患处，每日1～2次。
(2)二味拔毒膏：黄连膏或如意金黄散蜂蜜调膏外敷，每日1～2次。
(3)使用肤力康直接涂抹。
毛囊炎西医内治法：可口服四环素等抗生素或者免疫疗法。
西医外治法：以消炎、杀菌、干燥为原则，酌情选用以下方药：10%硫磺炉甘石洗剂、10%鱼石脂酒精、复方新霉素软膏、5%白降汞软膏、氯霉素亚砜剂外搽。
毛囊炎物理疗法：除急性炎症期外，可采用紫外线或超短波照射治疗，每次20分钟，每周3次。
综上所述，目前治疗毛囊炎的方法比较多，其中西药治疗容易出现复发的情况，所以治疗的关键是控制毛囊炎的反复发作，建议外用中药制剂产品肤力康，口服中药连翘败毒丸，这样既治标也治本，从而达到标本兼治的目的。