男性生殖器小也叫做阴茎短小，引起的原因是比较多，有先天性遗传的原因，也有一些疾病方面的原因，比如说有些孩子在婴儿时期如果丘脑分泌功能异常，这时候常常会引起性腺分泌异常，会影响孩子生殖器的发育，另外如果出现包皮包茎问题，这也是造成男性生殖器小的原因。
男性生殖器小的原因
1、阴茎短小的病理性原因
脑组织结构异常：无脑畸形患儿无下丘脑分泌功能，即使脑垂体发育正常，由于无促性腺激素释放激素，致使睾酮分泌少，造成小阴茎。先天性脑垂体不发育，部分脑胼胝体发育不良导致的下丘脑功能障碍，枕部脑膨出伴运动失调的小脑畸形等脑中线发育基因异常。均因促性腺激素分泌不足而引起小阴茎。此外还导致其他系统的多发畸形。
无脑组织异常的先天性促性腺激素释放激素缺乏：此类原因引起的小阴茎比前者多见，具体病因不清，多为各种综合征，如Kallmann、帕德维利综合征(Prader-Willi)、Lawrence-Moon-Beidel综合征等，常伴有多发畸形，据研究与染色体、基因异常有关，还有因内分泌、生化代谢异常导致的促性腺激素释放激素、黄体生成激素等缺乏症。
2、阴茎短小的生理原因
阴茎与身体其他器官一样，其大小及形态特点要受遗传基因的控制与影响。
3、内分泌素紊乱也是其中之一
由于男性激素水平不足，阴睾或阴囊肿胀产生的阴茎“回缩”等，很有可能造成阴茎短小。
4、青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用;
5、内体寒、怕冷、体内阳气不足，致使阴茎不能完全凸出，有部分内缩于腹内；性生活过度，身体虚弱或在青少年刚发育期间手淫过频，使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成阴茎短小。
6、患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，雄性激素缺乏。
男性生殖器小的原因
1、阴茎短小的病理性原因
脑组织结构异常：无脑畸形患儿无下丘脑分泌功能，即使脑垂体发育正常，由于无促性腺激素释放激素，致使睾酮分泌少，造成小阴茎。先天性脑垂体不发育，部分脑胼胝体发育不良导致的下丘脑功能障碍，枕部脑膨出伴运动失调的小脑畸形等脑中线发育基因异常。均因促性腺激素分泌不足而引起小阴茎。此外还导致其他系统的多发畸形。
无脑组织异常的先天性促性腺激素释放激素缺乏：此类原因引起的小阴茎比前者多见，具体病因不清，多为各种综合征，如Kallmann、帕德维利综合征(Prader-Willi)、Lawrence-Moon-Beidel综合征等，常伴有多发畸形，据研究与染色体、基因异常有关，还有因内分泌、生化代谢异常导致的促性腺激素释放激素、黄体生成激素等缺乏症。
2、阴茎短小的生理原因
阴茎与身体其他器官一样，其大小及形态特点要受遗传基因的控制与影响。
3、内分泌素紊乱也是其中之一
由于男性激素水平不足，阴睾或阴囊肿胀产生的阴茎“回缩”等，很有可能造成阴茎短小。
4、青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用;
5、内体寒、怕冷、体内阳气不足，致使阴茎不能完全凸出，有部分内缩于腹内；性生活过度，身体虚弱或在青少年刚发育期间手淫过频，使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成阴茎短小。
6、患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，雄性激素缺乏。