肛瘘是需要进行手术治疗才可以痊愈的，主要是清楚肛门感染的肛门腺，然后将肛管中的异物清洗干净，所以患者应该要选择正规的医院进行手术，可以减轻手术的副作用，而且要注意肛门的卫生以及按时服药治疗。在平时吃一些清热解毒的药物将体内的异物排出体外，并且抑制细菌的感染。
肛瘘的治疗分为非手术治疗和手术治疗。非手术疗法主要通过药物控制感染，减轻症状，但不能彻底治愈;或一时相对治愈，很容易复发。手术的目的是为了清除感染的肛门腺，将瘘管内感染的异物清除，这是肛瘘的治疗的关键。
非手术疗法包括内洽法和外治法。
(一)内治法
1.清热利湿：凡出现瘘管外口流粘稠脓，色白或黄，外口闭合，局部肿胀疼痛，小便不利，舌红、苔黄腻，脉滑数等症状，为湿热蕴结。治宜清热利湿。选方常用活血透脓散加减。
2.清热解毒：凡出现肛瘘外口闭合，恶寒发热，局部红肿、灼热疼痛，舌红、苔黄，脉数等症状，为热毒蕴聚。治宜清热解毒。选方常用仙方活命饮加减。
3.养阴托毒：凡出现瘘管外口凹陷，周围颜色晦暗，脓水清稀，舌红少津，少苔或无苔，脉细数无力等症状，属阴虚型肛瘘。治宜养阴托毒。选方常用青蒿鳖甲汤加减。
4.补益气血：凡出现肛瘘经久不愈，肉芽不鲜，脓水不多，形体消瘦，面色无华，气短懒言，舌淡、苔白，脉细弱无力等症状，属气血亏虚型。治宜补益气血。选方常用十大补汤加减。
(二)外治法
1.外洗法：局部红肿疼痛时，可用苦参汤加减，煎水趁热熏洗，
2.外敷法：肛瘘急性期可用金黄膏等外敷。
(三)手术疗法
手术原则：
1.正确寻找瘘管内口，是手术成败的关键
将左手食指伸入肛管内，指尖按在齿线上可疑内口处作引导，右手持探针，由外口轻轻插入，寻求内口。切忌用力过猛，以免造成假道。必要时，可经外口注射色素溶液，从粘膜染色处可以测定内口的位置。临床常用l%龙胆紫双氧水溶液，或1%亚甲蓝双氧水溶液。如为蹄铁形或高位肛瘘，管道弯曲成角，很难一次探得内口，应逐步将管道切开，逐步探查。经细致探查，仍不能找到内口时，可将有可疑的肛窦作为内口，在切开瘘管时加以切开，并将肛窦周围的组织适当修剪或切除，使引流通畅。
肛瘘的治疗分为非手术治疗和手术治疗。非手术疗法主要通过药物控制感染，减轻症状，但不能彻底治愈;或一时相对治愈，很容易复发。手术的目的是为了清除感染的肛门腺，将瘘管内感染的异物清除，这是肛瘘的治疗的关键。
非手术疗法包括内洽法和外治法。
(一)内治法
1.清热利湿：凡出现瘘管外口流粘稠脓，色白或黄，外口闭合，局部肿胀疼痛，小便不利，舌红、苔黄腻，脉滑数等症状，为湿热蕴结。治宜清热利湿。选方常用活血透脓散加减。
2.清热解毒：凡出现肛瘘外口闭合，恶寒发热，局部红肿、灼热疼痛，舌红、苔黄，脉数等症状，为热毒蕴聚。治宜清热解毒。选方常用仙方活命饮加减。
3.养阴托毒：凡出现瘘管外口凹陷，周围颜色晦暗，脓水清稀，舌红少津，少苔或无苔，脉细数无力等症状，属阴虚型肛瘘。治宜养阴托毒。选方常用青蒿鳖甲汤加减。
4.补益气血：凡出现肛瘘经久不愈，肉芽不鲜，脓水不多，形体消瘦，面色无华，气短懒言，舌淡、苔白，脉细弱无力等症状，属气血亏虚型。治宜补益气血。选方常用十大补汤加减。
(二)外治法
1.外洗法：局部红肿疼痛时，可用苦参汤加减，煎水趁热熏洗，
2.外敷法：肛瘘急性期可用金黄膏等外敷。
(三)手术疗法
手术原则：
1.正确寻找瘘管内口，是手术成败的关键
将左手食指伸入肛管内，指尖按在齿线上可疑内口处作引导，右手持探针，由外口轻轻插入，寻求内口。切忌用力过猛，以免造成假道。必要时，可经外口注射色素溶液，从粘膜染色处可以测定内口的位置。临床常用l%龙胆紫双氧水溶液，或1%亚甲蓝双氧水溶液。如为蹄铁形或高位肛瘘，管道弯曲成角，很难一次探得内口，应逐步将管道切开，逐步探查。经细致探查，仍不能找到内口时，可将有可疑的肛窦作为内口，在切开瘘管时加以切开，并将肛窦周围的组织适当修剪或切除，使引流通畅。