小阴唇部位用手捏起来会觉得有一些明显的颗粒感，但是不会有很疼痛的症状，这也是不能够轻易忽视掉，尽可能在病情刚发作的时候就去做相应的治疗，只有这样才可以让自己的病情不会随着时间推移而越发的严重，还有就是必要的患者需要去做手术切除的治疗方法，这是为了改善病症。
大而突于阴道口或阴唇间者，虽形同膀胱膨出，但排尿后不见其缩小，或用金属导尿管插入后，同时用手指挤捏囊肿基底部，感觉导尿管与囊肿有一定距离，不难鉴别。
位于阴道后穹隆的囊肿应和子宫直肠窝疝鉴别，后者每在咳嗽时增大，或用手指上推时缩小，甚至消失；并在三合诊时嘱患者运用腹压，可有阴道直肠隔膨隆，鼓出的感觉，这是肠曲因腹压进入阴道直肠窝的疝囊所致，而阴道囊肿则无上述变化。
位于前阴道壁下1/2部的囊肿须和尿道憩室及尿道腺脓肿鉴别。后两者虽亦形成阴道膨隆，但均和尿道相通，当用手向前压迫时，可见有尿液或脓液自尿道流出。
位于阴道后壁近处女膜处的小囊肿多为包涵囊肿。此外还须与双子宫，双阴道畸形，及一侧阴道闭锁，经血潴留者鉴别。这种情况极罕见。患者虽有月经，但痛经逐渐加重，且所形成的阴道一侧囊肿张力较大，色紫。必要时可行局部穿刺鉴别。
以手术切除为主。如囊肿位置不太高，手术常不困难，但在剥离过程中须注意且勿伤及尿道或膀胱。如果肿瘤大而位于穹隆深部，且向阔韧带内扩展时，则不可能经阴道将其完整的切除，即使同时经腹部手术，也非常困难。有些作者认为将残留的囊壁用刮匙刮后，将其残端的边缘分别和阴道黏膜切口的相应边缘缝在一起造口，再用纱条填塞阴道，压迫残留囊腔，有可能使残留的囊壁完全粘连闭合，即使不能粘连闭合，也不至于再充胀起来。
大而突于阴道口或阴唇间者，虽形同膀胱膨出，但排尿后不见其缩小，或用金属导尿管插入后，同时用手指挤捏囊肿基底部，感觉导尿管与囊肿有一定距离，不难鉴别。
位于阴道后穹隆的囊肿应和子宫直肠窝疝鉴别，后者每在咳嗽时增大，或用手指上推时缩小，甚至消失；并在三合诊时嘱患者运用腹压，可有阴道直肠隔膨隆，鼓出的感觉，这是肠曲因腹压进入阴道直肠窝的疝囊所致，而阴道囊肿则无上述变化。
位于前阴道壁下1/2部的囊肿须和尿道憩室及尿道腺脓肿鉴别。后两者虽亦形成阴道膨隆，但均和尿道相通，当用手向前压迫时，可见有尿液或脓液自尿道流出。
位于阴道后壁近处女膜处的小囊肿多为包涵囊肿。此外还须与双子宫，双阴道畸形，及一侧阴道闭锁，经血潴留者鉴别。这种情况极罕见。患者虽有月经，但痛经逐渐加重，且所形成的阴道一侧囊肿张力较大，色紫。必要时可行局部穿刺鉴别。
以手术切除为主。如囊肿位置不太高，手术常不困难，但在剥离过程中须注意且勿伤及尿道或膀胱。如果肿瘤大而位于穹隆深部，且向阔韧带内扩展时，则不可能经阴道将其完整的切除，即使同时经腹部手术，也非常困难。有些作者认为将残留的囊壁用刮匙刮后，将其残端的边缘分别和阴道黏膜切口的相应边缘缝在一起造口，再用纱条填塞阴道，压迫残留囊腔，有可能使残留的囊壁完全粘连闭合，即使不能粘连闭合，也不至于再充胀起来。